Trước đây, phường Yên Ninh là một phần của phường Nguyễn Thái Học thuộc thị xã Yên Bái.

Ngày 6 tháng 6 năm 1988, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định số 101-HĐBT về việc phân vạch địa giới hành chính một số phường thuộc thành phố Yên Bái[4]. Theo đó, chia phường Nguyễn Thái Học thành 2 phường lấy tên là phường Nguyễn Thái Học và phường Yên Ninh.

Phường Yên Ninh có 66 tổ dân phố (từ tổ 1 đến tổ 66) và 8.292 nhân khẩu.

Ngày 11 tháng 1 năm 2002, Thủ tướng Chính phủ ra Nghị định số 05/2002/NĐ-CP[5] về việc thành lập thành phố Yên Bái thuộc tỉnh Yên Bái. Phường Yên Ninh trực thuộc thành phố Yên Bái.